El culto externo es el distintivo más preciado para la Corporación, pero los cultos de la misma no se reducen solo a la procesión, sino que durante todo el año hay una serie de cultos internos que hacen mantener vivo el espíritu e interés de los hermanos en la participación con la Hermandad.
La junta de gobierno pondrá especial interés en la celebración de los siguientes cultos:
Misa de Hermandad: La Hermandad del Prendimiento celebrará mensualmente todos los primeros viernes de mes su Misa de Hermandad, estando dedicada la del mes de junio al Santísimo Sacramento como expondremos más adelante, y la del mes de noviembre a los hermanos y familiares fallecidos en el último año.
Festividad a Nuestro Padre Jesús del Prendimiento: Coincidiendo con el segundo domingo de Cuaresma, la Hermandad celebrará en honor y gloria de Nuestro Padre Jesús del Prendimiento Solemne Función Principal culminando con devoto Besapié a la Sagrada Imagen. Como preparación a esta festividad, se celebrará un Triduo Cuaresmal a celebrar los tres días previos a la festividad, es decir, los días noveno, décimo y undécimo de Cuaresma.
Solemne Misa de Traslado: Anualmente cada Domingo de Pasión la Hermandad celebra una Solemne Misa previa al traslado de Nuestros Sagrados Titulares desde la Parroquia de la Divina Pastora hasta sus tronos procesionales.
Salida Procesional: Cada Domingo de Ramos Nuestro Padre Jesús del Prendimiento y María Santísima del Gran Perdón salen en procesión por las calles de Málaga para dar testimonio público de su Fe.
Misa de Acción de Gracias: Durante el mes de mayo o junio (en función de la fecha de Semana Santa) los componentes de la Hermandad nos reunimos en torno a Nuestro Padre Jesús del Prendimiento y María Santísima del Gran Perdón para agradecer todos los bienes recibidos durante el año.
Culto en honor al Santísimo Sacramento: La Hermandad del Prendimiento celebra el primer viernes del mes de junio los cultos en honor al Santísimo Sacramento. Festividad a María Santísima del Gran Perdón: En honor y gloria de Nuestra Venerada Titular, María Santísima del Gran Perdón, la Hermandad celebrará anualmente un Solemne Triduo, que dará comienzo el día 10 de octubre y finalizará el día 12 del mismo mes, haciéndolo coincidir con la Solemne Función Religiosa en honor y gloria a Nuestra Sagrada Titular, culminando con Besamanos a la Sagrada Imagen.
Celebración de la Eucaristía en conmemoración de la Jornada Mundial de la Juventud: La Hermandad del Prendimiento como representante de la Diócesis de Málaga durante la JMJ Madrid 2011, tiene a bien celebrar una Solemne Eucaristía todas las JMJ haciéndola coincidir con la celebración del Viacrucis de la misma, para que así nunca se pierda su espíritu «Arraigados y edificados en Cristo, firmes en la fe»